¿Sabías que Hacienda te puede exigir facturas de hace 10 años aunque el ejercicio haya prescrito?

Destruir documentos al cumplir cuatro años puede dejar a la empresa sin pruebas para defender créditos fiscales, deducciones o saldos de IVA que siguen produciendo efectos ante Hacienda.

Prescripción y conservación no significan lo mismo

La regla de los cuatro años es conocida, pero con frecuencia se aplica de forma demasiado simple. El artículo 66 de la Ley General Tributaria establece ese plazo para distintos derechos de la Administración y del contribuyente, entre ellos el derecho a determinar una deuda mediante liquidación. Sin embargo, que haya prescrito la posibilidad de liquidar un ejercicio no convierte en irrelevante toda la información que nació en él.

Una base imponible negativa, una deducción pendiente o una cuota de IVA a compensar puede trasladarse a declaraciones posteriores. Cuando la empresa utiliza ese derecho en un periodo todavía comprobable, necesita acreditar su origen y su cálculo. El documento antiguo deja entonces de ser solo el soporte de un año cerrado: pasa a ser la prueba de una partida que continúa produciendo efectos.

Además, el cómputo de la prescripción no siempre coincide con cuatro años desde la fecha de una factura o desde el cierre contable. Depende del derecho afectado, del final del plazo reglamentario de declaración y de posibles causas de interrupción. Por eso una política de archivo basada únicamente en el año impreso en la carpeta puede provocar eliminaciones prematuras.

El plazo especial de diez años para determinados créditos fiscales

El artículo 66 bis de la Ley General Tributaria regula el derecho de la Administración a comprobar bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación. El plazo para iniciar esa comprobación es de diez años, contados desde el día siguiente a aquel en que finaliza el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación del ejercicio en que nació el derecho.

La diferencia es importante. Una sociedad puede generar una base imponible negativa en un ejercicio y compensarla años después frente a beneficios futuros. Durante el periodo de diez años, conservar solo la autoliquidación y el libro mayor puede no ser suficiente. Deben mantenerse también los soportes documentales de las operaciones que permitan demostrar cómo se originó la partida.

El TEAC lo explicó en la resolución 00/07028/2022. Su criterio señala que, dentro de esos diez años, el contribuyente debe conservar las autoliquidaciones, los libros contables y los justificantes de las operaciones registradas. Si no aporta los soportes, puede considerarse que no ha acreditado la procedencia de las bases negativas cuya compensación pretende.

Cumplir diez años tampoco permite destruirlo todo

Superado el plazo especial, la Administración ya no puede iniciar la comprobación del importe de aquellas bases, cuotas o deducciones en los términos del artículo 66 bis. Pero si el derecho sigue pendiente y la empresa quiere utilizarlo, todavía debe poder acreditarlo. Para las bases imponibles negativas, el TEAC recuerda que han de exhibirse la liquidación o autoliquidación de origen y la contabilidad, junto con la acreditación de su depósito en el Registro Mercantil durante el periodo exigido.

Por eso el décimo aniversario no funciona como una fecha universal para vaciar el archivo. Antes de eliminar cualquier expediente hay que comprobar si existen créditos fiscales no consumidos, deducciones pendientes, operaciones a largo plazo o elementos que sigan influyendo en declaraciones posteriores. La fecha relevante será la que resulte de la vida fiscal de cada partida, no una regla automática aplicada a todos los documentos.

La misma lógica aconseja prudencia con contratos, facturas de bienes amortizables, mejoras, adquisiciones, transmisiones o reestructuraciones cuyos efectos se reparten durante varios ejercicios. Aunque el periodo original esté prescrito, sus datos pueden resultar necesarios para calcular amortizaciones, valores fiscales o resultados de una operación posterior.

El IVA y los saldos pendientes también necesitan prueba

En el IVA pueden generarse cuotas a compensar que se trasladan a autoliquidaciones futuras. Mientras el saldo se incorpora a periodos posteriores, la empresa debe conservar la documentación que permita explicar su origen y evolución. No basta con mostrar el importe acumulado en la última declaración si no puede reconstruirse de dónde procede.

La Administración puede verificar en un ejercicio no prescrito si el saldo utilizado se corresponde con el que la empresa venía arrastrando y si se aplicó correctamente. Esa comprobación no equivale necesariamente a reabrir sin límites un periodo ya prescrito. Su finalidad es validar un dato antiguo que sigue influyendo en una obligación actual.

Un archivo útil debe permitir seguir la cadena completa: autoliquidación inicial, libros registro, facturas y rectificaciones, compensaciones practicadas y saldo restante. Si alguno de esos eslabones desaparece, la defensa de la empresa se debilita aunque su programa contable muestre una cifra final aparentemente correcta.

La obligación mercantil de seis años sigue vigente

A los plazos tributarios se suma la normativa mercantil. El artículo 30 del Código de Comercio exige a los empresarios conservar libros, correspondencia, documentación y justificantes del negocio durante seis años desde el último asiento realizado en los libros, salvo que otra disposición general o especial establezca algo diferente. El cese de la actividad no elimina este deber.

Esto impide convertir los cuatro años fiscales en la única referencia. Un mismo documento puede estar sujeto simultáneamente a una necesidad tributaria, otra mercantil y otra contractual. La empresa debe aplicar el plazo que corresponda a cada finalidad y, cuando coexistan varios, conservarlo mientras siga vigente la obligación más larga o exista una razón probatoria justificada.

También es importante que la eliminación sea segura. Los documentos fiscales contienen información financiera, identificadores y, en ocasiones, datos personales. Cuando realmente procede destruirlos, debe hacerse de forma que no puedan reconstruirse, dejando constancia interna del lote eliminado, el criterio aplicado y la autorización correspondiente.

Una política documental basada en riesgos y expedientes

La solución práctica consiste en clasificar la documentación por tipos y no solo por años. Conviene separar, al menos, obligaciones periódicas, contabilidad y cuentas anuales, inmovilizado, financiación, contratos, bases negativas, deducciones, IVA a compensar y operaciones especiales. Cada grupo debe tener un responsable, un plazo mínimo y una regla de suspensión de borrado cuando exista una inspección, reclamación o litigio.

El archivo digital debe conservar la integridad y legibilidad de los documentos, mantener copias de seguridad y permitir localizar rápidamente la relación entre una cifra declarada y sus justificantes. Migrar de programa no debería romper esa trazabilidad. Antes de retirar un sistema antiguo hay que verificar que las exportaciones son completas y que pueden abrirse durante todo el periodo de conservación.

La tabla de conservación debe indicar desde qué hecho se cuenta cada plazo. En unos casos será el final del periodo de declaración; en otros, el último asiento contable, la finalización del contrato o la utilización completa de un crédito fiscal. Añadir una fecha de revisión, en lugar de una fecha automática de borrado, permite comprobar si han aparecido nuevas circunstancias antes de autorizar la eliminación.

También conviene aplicar una suspensión de destrucción cuando se recibe un requerimiento, comienza una inspección o surge una reclamación relacionada con el expediente. Desde ese momento, los documentos vinculados deben preservarse aunque el plazo ordinario estuviera próximo a vencer. La medida protege la prueba y evita que una eliminación rutinaria se interprete como falta de colaboración.

La revisión debe quedar documentada mediante un registro de eliminación que identifique la serie documental, el periodo, la norma aplicada y la persona que autoriza el borrado. Ese registro no sustituye a los justificantes, pero demuestra que la empresa siguió un criterio estable y no destruyó información de forma improvisada.

La pregunta adecuada no es simplemente si han pasado cuatro años. Antes de destruir, la empresa debe confirmar si el documento sigue respaldando un derecho, una obligación o una operación con efectos posteriores. Una revisión breve por parte de administración, contabilidad y asesoría puede evitar que el ahorro de espacio termine convirtiéndose en la pérdida de una prueba esencial.